Juhendajad:
professor Elin Org, Tartu Ülikool
kaasprofessor Tõnis Org, Tartu Ülikool

Oponent:
Nassos Typas, Euroopa Molekulaarbioloogia Labor (Saksamaa)

Kokkuvõte:
Kiiresti kasvav teaduslike ja populaarteaduslike artiklite, kliiniliste uuringute ja turul müüdavate mikrobioomi toodete hulk vihjab, et huvi meie kehas esinevate mikroobide vastu on suurenenud nii teadlaskonnas kui ka ühiskonnas laiemalt. Siiski on valdkond peamiselt veel vaatlusuuringute keskne, üritades kirjeldada üldiseid muutusi ja mustreid. Ühelt poolt üritame aru saada, kuidas erinevad keskkonnafaktorid ja elustiilivalikud mõjutavad meie mikrobioomi. Teisalt soovime aga mõista, kuidas mikrobioom mõjutab meie keha toimimist. Samuti uurivad mikrobioomi valdkonna teadlased võimalusi ja kaardistavad takistusi, kuidas mikrobioomi kasutada haiguste diagnoosimiseks ja ennetuseks. Käesolev doktoritöö nendest küsimustest lähtuski.

Esiteks leidsime, et peitvere testi proovid, mida kasutatakse Eestis jämesoolevähi sõeluuringutes, on sobilikud ka mikrobioomi uuringuteks. See võib tulevikus lihtsustada  populatsioonipõhist proovide kogumist ning viia läbi mikrobioomitestidega täiendatud sõeluuringuid. Teiseks näitasime, et biopangal põhinevad mikrobioomi kohordid, nagu doktoritöös esitletud Eestlaste Mikrobioomi Projekt Eesti geenivaramus, on väärtuslikud uute mikrobioomi mõjutavate tunnuste avastamiseks. Näiteks leidsime, et korduv antibiootikumide ja antidepressantide kasutamine viimase 10-aasta jooksul on oluliselt seotud muutustega mikrobioomis, isegi kui viimasel ajal pole ravimit tarvitatud. Kasutades inimene-hiir mikrobioota ülekannet näitasime, et inimeste korduv antibiootikumide kasutamine viib soolestiku limaskesta toimimise häirumiseni hiirtes, isegi kui doonorid polnud poole aasta jooksul antibiootikume tarbinud.

Kuigi mikrobioomiga on veel palju avastamist ja valdkond vajab standardiseerimist, on selles doktoritöös esitatud teadustööd juba selgeks märgiks, et mikrobioomi uurimine on kasulik ka inimtervise mõistmisel. Aina enam saame aru, et paljud ravimid lisaks antibiootikumidele mõjutavad pikaaegselt meie mikrobioomi kooslust ja seeläbi tervist. Käesoleva doktoritöö tulemused koos teiste avaldatud teadustöödega annavad ravimite määramisel alust printsiibile “nii palju kui vaja, nii vähe kui võimalik”, kuna pikaaegsed mõjud vajavad veel uurimist.