Keskkonnatehnoloogia on paljude erialadega tegelev ja kiiresti arenev valdkond, kus loodus- ja inseneriteadused on omavahel tihedalt seotud. Viimaste aastate kõige kiiremini muutunud keskkonnatehnoloogia valdkondi on keskkonna biotehnoloogia, mis toetub mikrobioloogias, molekulaarbioloogias ja geenitehnoloogias saavutatule ning uutele meetoditele bioloogiliste süsteemide uurimisel. Kui keskkonna biotehnoloogia seostus veel viis aastat tagasi peamiselt saastunud pinnase ja setete puhastamise tehnoloogiatega, siis praegu on tähtsad uurimissuunad tahkete ja vedelate orgaaniliste jäätmete aeroobse ning anaeroobse käitlemise ning teise põlvkonna biokütuste tootmise tehnoloogiate väljatöötamine. Keskkonna biotehnoloogial on oluline osa vanemate keskkonnatehnoloogiliste protsesside täiustamisel, seda eriti seoses uute esile kerkivate probleemidega, milleks on ravimijäägid ja sünteetilised nanoosakesed keskkonnas.
