Kuidas geeniandmed, suurandmed ja innovatsioon aitavad koroonaviirusega kohaneda?
 

SARS-CoV-2 olemuse alus, millest tulenevad absoluutselt kõik selle viiruse omadused (ja ühtlasi kõik selle tekitatavad probleemid), on RNA replikatsioon: viiruse võime sünteesida valke, mis koostöös rakult laenatud valkudega suudavad toota uusi viiruse genoome. Kui see protsess muutub, muutuvad ka kõik viiruse omadused, seal hulgas levik, interaktsioonid peremehega, patogeensus, tundlikkus ravimitele jne. RNA replikatsiooni viivad SARS-CoV-2 puhul läbi ligi 20 viiruse kodeeritud valku. Nende  põhiomaduste uurimisel on kriitiliselt oluline töövahend nn pöördgeneetika süsteem, mis võimaldab viiruse genoomi osadeks lahti võtta, uuesti kokku panna ja teha selles soovitud muudatusi.

2020. aasta suvel valmistasime SARS-CoV-2 pöördgeneetika süsteemi. Selle alusel oleme praeguseks konstrueerinud 80 mutantset genoomi, mis sisaldavad viirusele ebasobivaid muudatusi (vaktsiinikandidaadid), 10 genoomi, kuhu oleme sisse viinud viiruse nakkuse jälgimist võimaldavaid markergeene, 5 genoomi, millel on ravimitundlikkust mõjutavad mutatsioonid, 3 genoomi, mis sisaldavad adaptatsiooni, et nakatada laborihiiri, ja 3 genoomi D614G mutatsiooniga viiruse ogavalgus, mis eeldatavasti mõjutab viiruse leviku tõhusust.

Muutmaks tööd viirusega ohutumaks, oleme konstrueerinud kümme deletsiooni sisaldavat viiruse genoomi varianti. Need nn replikonid on võimelised teostama RNA replikatsiooni, kuid ei suuda toota virione, mistõttu neid saab kasutada uurimistöödes ka väljaspool 3. ohutaseme laboratooriume. Praegu tegeleme loodud mutantide ja replikonide funktsionaalse iseloomustamisega ja valmistame ette koostööprojekte, mille eesmärk on uurida SARS-CoV-2 replikatsiooni molekulaarseid aluseid.